木叶 50 年 6 月 22 日，波风水门成为木叶第四任火影。
与原时空不同的是，水门不再是谁的傀儡，也不再被谁左右。
新时代的开始也标志着新政治格局的开启。
接下来就是木叶的权利的重新分配。
首先是火影顾问团的成立。
自来也、日向日足和奈良鹿久成为了新顾问团成员。
其中自来也是被迫的，他当顾问长老的条件就是玄武不会暗中做掉猿飞日斩。
至于玄武和纲手，他俩对这种东西全无兴趣，任凭水门如何请求，就是不加入。
接下来是火影的直系力量，暗部。
旗木朔茂重新走马上任成为暗部部长。
旗木卡卡西被任命为火影护卫队队长，贴身保护水门安全。
原先死忠于猿飞日斩的暗部成员将被逐步剔除，重新按比例从各家族和平民中挑出一批忍者，由旗木朔茂统一训练后充实暗部。
这些新加入暗部的成员中，有一人的身份极为特殊，那就是宇智波鼬，他不仅成了暗部，还成了火影护卫队成员，顶头上司就是卡卡西。
关于宇智波鼬入暗部一事，水门特地征求了玄武的意见，想让他把把关。
玄武的回复是：你是火影，你说了算，爱咋咋滴，我不管。
得，白问。
思前想后，水门还是把鼬纳入暗部，他不是三代火影，容得下宇智波，也真心希望最后的宇智波能真正融入木叶。
不过相对于顾问团的顺利成立，暗部改革就不是那么一帆风顺了，三代火影的掣肘让暗部权力交接相当磨叽，这也没办法，只能慢慢来。
第三，成立根部。
此根部非彼根部，没有训练暗部、监察村子等各种权利，它的任务只有一个，那就是刺探其他各国情报，相当于木叶放出去的眼睛。
因为这件事不怎么光彩，万一暴露很有可能引起国际纠纷，所以根部成员不从木叶村招募，而是由自来也的后花园抚子村以及玄武的私人基地草忍村、泷忍村和鬼灯城出。
根部首领是自来也，所收集到的情报由他统一接受，再传给水门。
这样一来好处多多。
根部没有木叶成员，就不用担心像以前的根部那样尾大不掉，严重分散村子内部力量。
万一根的人暴露，敌国就算查也查不到木叶这里，这样既不影响村子形象，又不怕对方得到村子内部情报，两全其美。
当水门有什么脏活累活不方便村内人处理时，可以交给根部。
第四，重新成立木叶警备部队。
宇智波被灭族的这些年，村子内部治安明显变差，平民们的日常生活受到很大影响。
猿飞日斩因为要备战三战才没有腾出手处理，现在三战打完了，恢复村子稳定必须提上日程。
新木叶警备部部长由宇智波富岳担任，毕竟他以前干过，对这些业务还挺熟的。
警备部规模两百人，分为四个大队，每队负责木叶四分之一区域，成员全部从平民忍者中选取，也算是给平民忍者一个晋升空间。
第五，就是废除以前的空中部队和武装部队编制，成立科技合成部队，直属火影，任何人不得私自调动。
科技合成部队总计人数两千七百人，分为研发部、航空部、海洋部和陆地部。
研发部两百人，由原木叶科研院组成（千手仙草当上大名时特批的由玄武和大蛇丸负责的部门，但是由于猿飞日斩的从中作梗，本来用于研发的经费被以各种名义挪用，因此基本名存实亡，到今天才正式落实），负责新式武器研发。
航空部一千人，这没啥好说的，一千个鸟人。
陆地部一千五百人，其中包括五个火箭营，五个坦克营，五个护卫营。
海洋部队吧，目前没人，还是个空壳子。
该部队第一任总队长由奈良鹿久担任，两名副队长由秋道丁座和山中亥一担任。
此外，因为科技合成部队涉及到大量装备研发、生产和保养问题，所需经费实在太过庞大，木叶根本出不起，故由火之国大名承担一半。
除了这些，还有诸如财政部门、情报部门、宣传部门、任务发放部门、忍者学校、忍者医院等一系列权利部门需要水门一一接受，不过鉴于猿飞日斩在暗部上的所作所为，肯定不会那么轻松。
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