【公元402年，元兴元年，手握重兵的军阀桓玄举兵东下，攻入建康，杀权臣司马元显，收夺北府军刘牢之兵权。桓玄掌权后，不断清洗北府军势力，由于刘裕屡建军功加上能力卓越，于北府旧部中颇有声望，所以纵然是桓玄也不敢小视他，任命他为中兵参军。而刘裕又审时度势，假意顺从，暂行桓玄以行韬晦。
孙恩死后，余众推其妹夫卢循为主。卢循率义军残部南下，攻占永嘉、晋安等地。桓玄为安抚地方，任卢循为永嘉太守。卢循表面应允，但仍不断进攻沿海郡县。卢循想要成为第二代海贼王，可惜他不知道第一代海贼王就败在了刘裕的手中，而他还没有第一代海贼王的能力。
元兴元年五月，桓玄派刘裕东征，讨伐卢循。
元兴二年正月，刘裕败卢循军于东阳（治长山，今浙江金华）。卢循逃往永嘉，再为刘裕追败，部将张士道也被杀。刘裕一路追击至晋安，卢循渡海南逃。六月，刘裕因功被加封为彭城内史。
桓玄掌控朝政，获封楚王，并打算篡夺皇位。一次，桓玄的从兄桓谦私下询问他对禅代的看法，刘裕假装称赞桓玄的功勋，表示桓玄“乘运禅代，有何不可”。桓谦大喜道：“你说可以，便应该是真的可以了。”
元兴二年十二月，桓玄篡位，他威逼晋安帝禅位，建立桓楚，改元“永始”。刘裕随徐兖二州刺史桓修入朝。桓玄看见刘裕，对司徒王谧说：“昨日看见刘裕，气度不凡，是人中豪杰。”于是更对刘裕款待备至，恩宠有加。桓玄的妻子刘氏颇能识人，她多次劝桓玄除掉刘裕，但桓玄却以要借刘裕荡平中原为由拒绝。】
“哼！篡人者，人恒篡之，司马老贼，你也有今天？”
曹髦闷闷不乐的在雒阳长秋宫里，此时看到司马家被篡的好消息，忍不住拍掌欢笑。
“刘氏女子为何要除掉我刘氏才俊，真是不知好歹！”刘彻骂道。这个桓玄的妻子一定不是他汉室的刘！
“陛下，这不是您说的要遵从董博士的春秋儒学，妇嫁从夫吗？”桑弘羊作为法家的代表，幽幽的出声道。
这个董仲舒在他眼里就是个只会读书博名声的混子罢了，论治国，他自问天下一流。
试问这大汉江山，没了他桑弘羊还行不行？他董仲舒能给陛下挣很多的小钱钱吗？
【同时，桓玄称帝后为消除隐患，欲瓦解北府兵，大力剿杀北府兵旧将，北府军几乎遭到灭顶之灾。正在桓玄盘算之际，刘裕也在暗中和北府兵残余兵将联络，伺机反攻桓玄。
桓玄想利用刘裕巩固自己的帝位。刘裕也志欲图玄，桓玄称帝后，“骄奢荒侈，游猎无度”，以致“百姓疲苦，朝野劳瘁”。
元兴三年二月，刘裕以打猎为名，聚集北府兵残余兵将一千七百余人，在京口举兵起义，歼灭了桓楚在此的兵力，杀死桓修。接着，众人推刘裕为盟主，传檄四方，各地纷起响应。
桓玄自从获悉刘裕率众起义后，成天忧心忡忡，想不出对策。有人说：“刘裕等力量弱小，哪里具备成气候的力量，陛下何必担忧呢？”桓玄回答说：“刘裕堪称当代雄才；刘毅家无多少储蓄，却像掷骰子一样捐出百万；何无忌，刘牢之的外甥，很像他舅舅。他们联合起来，共举大事，怎能说他们不会成功呢？”
刘裕率领义军一路西征连战连捷，而又因桓玄守军大多是北府军出身，面对刘裕都没有斗志，刘裕于是与诸军进攻，顺利以火攻击溃桓玄守军，而桓玄亦弃城西逃。】
“这个桓玄到底是什么本事也想学人家篡位？”曹操嗤之以鼻，原以为这个桓玄被称为权臣还能篡位，会是一个响当当的英雄人物。
没想到居然是个水货，这皇帝估计还没当多久就得被人家赶下来。
“此獠如当年淮南袁公路一样货色罢了！”
听闻曹操的话，众人哈哈大笑，又想起了那段往昔创业的峥嵘岁月。
大家都是跟随魏王一路走到现在的元勋，谁不知道魏王心有异志？但是魏王如此大的权势都不敢篡位，这个桓玄他的权势能有魏王大吗？
“昔年桓温桓玄在时，桓氏权势达到了顶峰，也算是能在史书上留下赫赫声名的权臣世家，可惜桓氏始终没有像司马宣王一样的底蕴，很快就将败落下去。这其中有很多的原因都是后来的桓玄太过骄奢，凭家世而目中无人。”李世民点评道。
“陛下错了！”魏征出言道。
“难道家世好的、权势大的就可以篡位了吗？”
“这才是桓氏败落的原因。”
李世民悠然想到，自己身为皇帝自应思事不同，若是他支持刚才自己的观点，岂不是赞成了篡位者正义了？
“哈哈，魏征你说的好啊！给朕指点了错误，是朕的过错！”
【元兴三年三月，刘裕进驻石头城，派冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率各军追击桓玄，同年，刘裕则被推为使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
六月，桓玄大败被杀，刘裕迎晋安帝司马德宗复位。
桓玄的叛变终于摧毁了东晋的皇权，本就历经八王之乱、霸府争权、永嘉之乱、怀帝南渡、元帝东迁、五胡乱华等各种丧乱的晋王朝，原本就皇权暗弱、世家为贵。
可以说，桓玄的这场叛乱，不但撕下了晋王朝
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